В настоящее время обсуждается большое количество критических нюансов, касающихся хронической болезни Лайма, и длительность антибактериальной терапии остаётся одним из наиболее дискутабельных моментов. Несмотря на тот факт, что во многих клинических исследованиях было продемонстрировано отсутствие необходимости чрезмерно длительного применения антибиотиков, многие занимающиеся болезнью Лайма специалисты настаивают на пролонгированном курсе нескольких антибактериальных препаратов для достижения полной эрадикации возбудителя и предотвращения развития хронизации процесса.

Последние рекомендации, касающиеся диагностики и лечения болезни Лайма, были разработаны Американским обществом инфекционных болезней (The Infectious Disease Society of America — IDSA) и опубликованы в ноябре 2006 г. в журнале Clinical Infectious Diseases. Согласно данным рекомендациям, применение доксициклина или бета-лактамных антибиотиков при болезни Лайма должно продолжаться до 28 дней.

В сотрудничестве с Американским колледжем ревматологии (American College of Rheumatology) и Американской академией неврологии (American Academy of Neurology) в настоящее время идёт пересмотр текущих рекомендаций и ожидается, что обновлённая версия появится в первом квартале 2018 г. Эксперты в данной области полагают, что в новых рекомендациях останутся те же препараты выбора и не будет изменений, касающихся длительности терапии (в частности, увеличения её продолжительности).

В настоящее время нет заслуживающих доверия научных доказательств, свидетельствующих о клинической пользе более продолжительного (свыше 28 дней) курса лечения болезни Лайма доксициклином или бета-лактамами. Другие антибактериальные препараты, обсуждаемые в качестве альтернативных при болезни Лайма во врачебной среде, включая метронидазол, триметоприм/сульфаметоксазол и др., не обладают антимикробной активностью в отношении B. burgdorferi. Также весьма популярны макролиды — действительно, они активны в отношении боррелий, однако рассматриваются в качестве альтернативных препаратов, поскольку описаны случаи неэффективности терапии на фоне применения макролидов.

Более того, нет доказательств, свидетельствующих, что инфекционный процесс остаётся активным у пациентов с подтверждённой болезнью Лайма, которые завершили рекомендованный курс лечения антибиотиками (внутрь или парентерально), не превышающий заявленную продолжительность лечение (т.е. не более 28 дней).

Имеются доказательства, что чрезмерное применение антибиотиков наносит пациенту вред и может у некоторых лиц вызывать хоть и редкие, но весьма серьёзные и даже фатальные осложнения, включая инфекции, например, Clostridium difficile-ассоциированную диарею или сепсис, связанный с катетеризацией центральных вен. Избыточное применение антибактериальных препаратов способствует формированию и распространению антибиотикорезистентности, что представляет реальную угрозу и для конкретного пациента, и для общества в целом.